Sau khi vượt cổng tuyến cùng với 4 thanh kiếm, chị em nhà Newman (Sophie và Josh) được đưa đến đảo Dalu Talis. Ở đây họ được vợ chồng Isis và Orisis âm mưu dựng lên làm bá chủ đảo để trị vì các thần dân là những Elder, thế hệ Kế tiếp và những cư dân khác trên Atlantis. Nhưng âm mưu của các Elder đen tối là Isis và Orisis bị phát hiện, dù họ đã giả làm cha mẹ thật của anh em nhà Newman, bởi Sophie và Josh dù được đánh thức vẫn mang trong lòng trái tim con người và mong muốn cứu rổi thế giới khỏi âm mưu tiêu diệt của các Elder đen tối.
Bên cạnh đó, vơ chồng nhà Flamel, trong những giờ phút cuối cùng của đời mình đã hợp lực cùng với các Elder và Thế hệ Kế tiếp trong sáng đã ra sức chiến đấu bảo vệ thành phố San Francisco trước âm mưu tiêu diệt của các Elder đen tối mà đứng đầu là Bastet – yêu nữ. Họ đã hợp lực cùng Billy, Machiaville đánh thức Lão Nhận Enap ở Alcatraz để chống lại các thế lực tàn phá loài người.
Cuối cùng, Josh và Sophie mới phát hiện mình là cặp song sinh ngẫu nhiên, được tồn vong từ hàng chục ngàn năm trước. Họ phải đi vào thế giới của Thế hệ người Đầu tiên để từ đó nhận ra mình là đấng sáng tạo thế giới –Mythyu. Và để cho thế giới loài người được yên bình, các Elder và các Thế hệ Elder khác đã rời khỏi trái đất để trả lại yên bình cho con người vui sống.