Đêm mồng 2 tháng 4 năm Bính Thìn (3-5-1916), cuộc khởi nghĩa quy mô lớn với sự tham gia của vua Duy Tân do Việt Nam Quang Phục Hội (VNQPH) ở Trung Kỳ tổ chức, đứng đầu là hai nhà chí sĩ đất Đà Nẵng – Quảng Nam: Thái Phiên và Trần Cao Vân, đã nổ ra tại Huế và nhiều địa phương ở các tỉnh miền Trung.
Cuộc khởi nghĩa tạo nên chấn động lớn trong phong trào chống Pháp ở Việt Nam nói riêng, phong trào giải phóng dân tộc ở các nước thuộc địa trên thế giới đầu thế kỷ XX nói chung.
Mặc dầu người phụ trách trực tiếp tổ chức VNQPH tại Trung Kỳ kể từ năm 1912 là cụ Phan Bội Châu luôn ở hải ngoại, nhưng những nhà hoạt động có uy tín lớn tại các tỉnh Trung Kỳ vẫn giữ liên lạc khá thường xuyên với Tổng hội và cụ Phan Bội Châu, tích cực vận động quyên góp tiền nong và gửi thanh niên ra nước ngoài ăn học, gây dựng cơ sở cách mạng trong các đơn vị binh lính người Việt trong quân đội Pháp, chờ đợi lực lượng Quang Phục quân từ hải ngoại kéo về để thực hiện “nội công ngoại ứng”.
Thực hiện kế hoạch của Tổng hội, một cuộc vận động tổ chức lực lượng để tiến đến phát động khởi nghĩa ở Trung Kỳ được triển khai trên địa bàn nhiều tỉnh, thu hút sự tham gia của các nhà yêu nước và quần chúng nhân dân, kéo dài từ đầu năm 1914 đến đầu tháng 5-1916.
Về mặt tổ chức, hội nghị lần thứ nhất của VNQPH ở Trung Kỳ do Thái Phiên và Lê Ngung chủ xướng diễn ra tại Đà Nẵng vào tháng 3-1914. Hội nghị lần thứ hai diễn ra tại Huế vào tháng 9-1915 do Thái Phiên chủ trì. Hội nghị lần thứ ba cũng diễn ra tại Huế vào cuối tháng 2-1916, với sự có mặt của các nhân sĩ Quảng Ngãi, Quảng Nam, Thừa Thiên, Quảng Trị, Quảng Bình do Thái Phiên, Trần Cao Vân chủ trì, chính thức quyết định tiến hành khởi nghĩa với một chương trình kiến quốc cụ thể.
Đặc biệt, sau ngày Thái Phiên và Trần Cao Vân tiếp xúc với vua Duy Tân giữa tháng 4-1916 tại Huế, VNQPH ở Trung Kỳ còn tổ chức một hội nghị toàn kỳ vào cuối tháng 4-1916 tại tỉnh Quảng Ngãi với sự có mặt của Thái Phiên, Trần Cao Vân, Lê Ngung, Nguyễn Thụy (thường gọi là cử Sụy) để bàn bạc lại ý kiến của nhà vua về thời điểm tiến hành khởi nghĩa.
Qua các kỳ hội nghị, VNQPH ở Trung Kỳ đề ra chủ trương phát động cuộc khởi nghĩa, phân công phụ trách cụ thể từng vùng cho các yếu nhân, đồng thời vạch ra phương án dự phòng khi thất bại thì rút về các căn cứ miền núi ở Bà Nà và Tây Nguyên để cố thủ. Tuy nhiên, do nhân sự chủ chốt và ảnh hưởng của VNQPH không đều trên địa bàn Trung Kỳ, nên kế hoạch khởi nghĩa được khoanh vùng từ Quảng Bình vào đến Bình Thuận, bao gồm cả Tây Nguyên.
VNQPH chủ trương kiểm soát và chỉnh đốn chặt chẽ các tổ chức quần chúng ở địa phương, các đơn vị lính Nam triều, nhất là đội lính mộ sắp đưa sang Pháp, huy động sức người, sức của để súc tích lực lượng và chế tạo vũ khí, mua sắm quân nhu, đúc 4 ấn Kinh lược cho 4 vùng là Bình-Trị, Nam-Ngãi, Bình-Phú, Khánh-Thuận.
Đặc biệt, VNQPH ở Trung Kỳ còn phân công cụ thể Thái Phiên làm Tổng chỉ huy hợp cùng Trần Cao Vân làm Quân sư phụ trách đánh chiếm Huế; Lê Đình Dương làm Tổng trấn Quảng Nam, Phan Thành Tài làm Kinh lược sứ Nam – Nghĩa, Lê Ngung làm Nam – Nghĩa dĩ nam chư tỉnh Kinh lý, hợp cùng các chí sĩ Đỗ Tự, Nguyễn Thụy, Phạm Cao Chẩm phụ trách ở Quảng Nam – Quảng Ngãi cùng các tỉnh Bình Định, Kon Tum và những tỉnh phía nam; Khóa Bảo tức Nguyễn Hữu Đồng làm Lãnh binh phụ trách ở Quảng Trị; Nguyễn Chính ở Quảng Bình…