Trúc Lâm Yên Tử Phật Giáo Tùng Thư gồm các phần:
1.Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử và danh thắng Yên tử, phần này tập trung nghiên cứu các vấn đề: lịch sử truyền thừa Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử, tư tưởng
Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử, danh thắng Yên Tử – hiện tại và tương lai.
2.Di sản Hán nôm ở Yên Tử, phần này giới thiệu lịch sử các di tích Phật giáo, cùng việc sưu tập và biên dịch toàn bộ hệ thống Di sản Hán Nôm hiện còn lưu giữ ở Yên Tử, như: hoành phi, câu đối, văn bia, văn chuông và văn trên một số đồ thờ,…
3.Di sản Hán Nôm của Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử, phần này giới thiệu di văn Hán Nôm của chư vị Thiền sư Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử, như: Thiền sư Huệ Quang, Quốc sư Phù Vân, Hoàng đế Trần Thái Tông, Tuệ Trung Thượng sĩ, Đệ nhất tổ, Đệ nhị tổ, Đệ tam tổ, Hoàng thượng Chân Nguyên, v.v…
4.Di sản Hán Nôm về Yên Tử, phần này giới thiệu di văn Hán Nôm có liên quan đến vùng đất Phật Yên Tử, như: Trúc Lâm Đại sĩ xuất sơn đồ, Thanh Mai Viên Thông tháp bi, Dục Thúy sơn Linh Tế tháp ký, Đề Yên Tử sơn Hoa Yên tự, Sắc phong Hoàng đế Trần Thái Tông, Sắc phong Hoàng đế Trần Thánh Tông, Sắc phong Hoàng đế Trần Nhân Tông, Trúc Lâm tông chỉ nguyên thanh, v.v…