Năm 1965, nhà giáo Phan Nam Sinh - con của ông - tiến hành việc soạn, sắp xếp, lập danh mục và gói buộc toàn bộ sách vở, báo chí cùng các bản thảo viết tay chưa công bố của ông, để bà mẹ giữ gìn, bảo quản tại Hà Nội.
Nhưng chỉ từ năm 2007, Di cảo mới được một người con khác của ông ở Hà Nội - là người trực tiếp gìn giữ, bảo quản Di cảo từ năm 1977, đến lúc đó là tròn 30 năm - tiến hành nghiên cứu, phân loại và sắp xếp để chuẩn bị cho việc xuất bản. Theo đó, Di cảo gồm chín bản thảo - có một bản dịch - được ông viết từ quý III/1950 đến tháng 2/1958, thuộc cả hai thời kỳ: kháng chiến chống Pháp trên Việt Bắc (sáu bản thảo); sau hòa bình lập lại năm 1954 ở Hà Nội (ba bản thảo); cùng năm cuốn sổ tay ghi chép, trong đó một cuốn khổ nhỏ còn lưu lại di bút cuối cùng của ông đề ngày 2/1/1959, tức chỉ 14 ngày trước khi ông qua đời (16/1/1959).
Các bản thảo đều thuộc sở trường của ông, là lịch sử cổ đại Trung Quốc, lịch sử cận đại Việt Nam, tiếng Việt, thêm phần tiểu sử tự thuật do tự tay ông viết trong cuộc chỉnh huấn năm 1953 trên Việt Bắc. Với hoàn cảnh xã hội của miền Bắc trước năm 1975 và của cả nước trước năm 1986; với hoàn cảnh của cá nhân ông về cuối đời bị quy kết tội phản động, bị khai trừ khỏi Hội Nhà văn, bị cấm công bố tác phẩm, thì các bản thảo có giá trị nhiều mặt này cũng phải chịu chung số phận không được công bố; đó là một thiệt thòi cho học giới nước nhà.
Chúng tôi trực tiếp nghiên cứu nội dung Di cảo, rất lấy làm ngạc nhiên, là tại sao các năm 1956, 1957, 1958 ông bị phê phán, bị lăng mạ, bị vu khống kịch liệt đến như vậy, bị quy kết tội phản động, bị cô lập về mọi mặt, nhưng Di cảo của ông lại không có bất cứ một bản thảo nào mang dấu ấn của sự phản ứng, của sự phản đối; trong khi ông lại dồn hết trí tuệ, sức lực để hoàn thành một bản khảo luận rất có giá trị về tiếng Việt trước ngày ông qua đời một năm?...
Lần này, xuất bản Phan Khôi Di Cảo (bản chưa đầy đủ) là cách chúng tôi thực hiện phần việc sau cùng để hoàn thành trọn bộ Tác phẩm Phan Khôi do nhà nghiên cứu Lại Nguyên Ân sưu tầm, biên soạn và tái công bố suốt 27 năm qua.